Es probable que el apologista centre su interés en las numerosas diferencias entre Juan y los Evangelios Sinópticos y en cómo explicar puntualmente cada una de ellas. Juan no relata parábolas ni exorcismos, registra muy pocas enseñanzas sobre el reino y no incluye historias que establezcan principios (breves discusiones con interlocutores hostiles que culminan con el enunciado de un principio). Sin embargo, no debemos olvidar que la parábola era un método de enseñanza típicamente judío, desconocido para los griegos; el reino era un concepto derivado de la teocracia del A. T. y podía resultarle confuso a una iglesia mayoritariamente gentil; los exorcismos se asociaban con la magia en la cultura grecorromana, y en cuanto a las discusiones, recordemos que Juan sí incluyó numerosas y extensas confrontaciones con los líderes judíos.

Más reveladores aun resultan los ejemplos de «interconexiones» entre Juan y los Sinópticos, es decir, aquellos pasajes en los que los datos de uno de los Evangelios ayudan a entender algo que pudo no haber quedado claro en otro. Ejemplos: Juan apenas hace una breve referencia al encarcelamiento de Juan el Bautista (Jn. 3:24), pero los Sinópticos se ocuparon de relatar la historia completa (Mr. 6:14-29); en Jn. 11:2 se distingue a María, la hermana de Lázaro, de María, la madre de Jesús, y se alude a un episodio que Juan aún no había mencionado, pero que sí lo había hecho Marcos, cuando aclaró que esa historia habría de relatarse en cualquier lugar donde se predicara el evangelio (Mr. 14:9); y la referencia suscinta de Juan al juicio de Jesús ante Caifás (Jn. 18:24,28) supone el conocimiento previo de todos los detalles a través de los relatos de los tres primeros Evangelios (Mr. 14:53-65).

En otros casos, Juan aclara algún punto que los Sinópticos dejan sin resolver. ¿Por qué, entre las confusas acusaciones contra Jesús durante el juicio, algunos testificaron que había dicho que destruiría el templo (Mr. 14:58-59)? Probablemente debido a algo que había dicho dos años atrás sobre la destrucción del templo, sin que sus oyentes, en aquel momento, comprendieran que hablaba de Su propio cuerpo (Jn. 2:19). Dado que según la ley judía el culpable de blasfemia debía morir apedreado, ¿por qué el Sanedrín hizo intervenir a las autoridades romanas en la ejecución de Jesús (Mr. 15:1-3)? Seguramente la explicación es que, en la mayoría de los casos, Roma les prohibía a los judíos aplicar la pena de muerte (Jn. 18:31). ¿Cómo es posible que los Sinópticos afirmen que Jesús intentó varias veces reunir a los hijos de Jerusalén (Mt. 23:37), si relatan un único viaje de Jesús, ya adulto, a la ciudad santa; el viaje de la última Pascua? Sin duda, porque estuvo allí en varias oportunidades para participar de las fiestas, tal como Juan lo señala reiteradas veces (caps. 2; 5; 7–9; 10). Por cierto, sólo a través de Juan sabemos que el ministerio de Jesús duró aprox. tres años; una estimación que la mayoría de los eruditos bíblicos considera acertada. Y aun podríamos agregar muchos otros ejemplos de interrelación, en ambos sentidos, además de los ya mencionados.

Debemos buscar en las características propias del género literario de Juan la clave para explicar las particularidades que lo separan del resto. Juan dio una versión de los hechos menos literal que los autores de los Sinópticos, y esto se debe, en gran medida, a que su estilo literario estaba emparentado con el drama grecorromano. Sin embargo, su insistencia en temas como la verdad y el testimonio prueban que estaba convencido de que su obra reflejaba fielmente la vida y la época de Jesús, aun cuando hubiera optado por ese particular estilo literario.

Para avanzar en un análisis pormenorizado de la credibilidad histórica de Juan, es preciso recorrer el Evangelio, versículo por versículo, en busca de coincidencias con los datos que aportan los Sinópticos, aplicando criterios de rigor histórico para determinar la autenticidad de cada uno de los textos. Lo más apropiado es lo que llamamos el criterio de la doble semejanza y desemejanza. Cuando una enseñanza o un acontecimiento de la vida de Jesús concuerdan con el mundo judío en Israel en el primer tercio del siglo i, pero difiere en ciertos aspectos del judaísmo más tradicional de aquel momento, se considera improbable que haya sido inventada por algún judío que no fuera Jesús. Asimismo, cuando esa misma enseñanza o acontecimiento revela cierta continuidad con la fe o la práctica cristiana de época posterior, pero a la vez, manifiesta alguna peculiaridad distintiva y reveladora, se considera improbable que haya sido fabricada por algún cristiano de épocas posteriores. Por lo general, en cada pasaje de Juan surge al menos un elemento clave, cuando no varios, que cumplen con estos dos pares de criterios. 

Aún hoy, muchos eruditos bíblicos siguen considerando que el aporte de Juan es mucho menos valioso que el de los Sinópticos en términos de recuperar el «Jesús histórico», pero estos académicos rara vez se muestran dispuestos a «dialogar» en profundidad con los estudios que argumentan a favor de los puntos que sumariamente presentamos en esta introducción.

Ninguno de estos argumentos pretende afirmar que a través de la investigación histórica es posible «probar» la credibilidad del contenido de Juan hasta el más mínimo detalle (ni de ninguna porción de la Escritura). Pero cuando un autor da reiteradas muestras de fiabilidad en aquellos puntos o temas que efectivamente pueden probarse, merece que se le conceda el beneficio de la duda en aquellos puntos que no pueden probarse. La confianza del cristiano en la absoluta fiabilidad, autoridad e inspiración o inerrancia del texto exige dar un salto de fe que va más allá de lo que solo la prueba histórica puede demostrar. Sin embargo, no es un salto al vacío, que ignora las pruebas; es una opción consciente en consonancia con aquellas que sí existen.